
El nombre de John Jairo Rojas Gómez al interior del Ejército Nacional se ha vuelto un tema polémico, pues el brigadier general –de acuerdo con El Tiempo, hoy general en retiro– está siendo investigado por presuntamente haber beneficiado con sus actuaciones a grupos narcoparamilitares, además de ser señalado de dos casos de acoso sexual al interior de la institución.
A la investigación se le suma un documento secreto del Ejército, que fue filtrado por el medio citado, en el que el general Luis Mauricio Ospina les habría indicado a sus superiores las actuaciones irregulares de Rojas.
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A final del mes de septiembre se conoció sobre la denuncia en la Fiscalía que alertarían las presuntas actuaciones irregulares que tuvo el señalado durante su época en el Comando Conjunto No.2 Suboccidente del Ejército que tenía operación en el departamento del Cauca. En ese momento el ente acusador lo señaló de “presuntas actividades irregulares de carácter operacional, administrativo y personal”.

De acuerdo con la denuncia Rojas Gómez habría facilitado a los integrantes de la Segunda Marquetalia, concretamente con la estructura Diomer Cortés, el uso de corredores de narcotráfico, así como información de inteligencia exclusiva de las autoridades para evitar importantes capturas.
Por su parte, en el documento revelado por El Tiempo se apreciaría también que el Ejército de Liberación Nacional (ELN) obtuvo la ayuda de Rojas Gómez a cambio de una millonaria suma:
De igual forma el general en retiro acusado ha salido en medios de comunicación como La W a resaltar que su labor en el Cauca fue exclusivamente para cumplir con las ordenes de la institución de brindar acompañamiento y protección.

Respecto a los casos de acoso sexual el general en retiro es acusado de hostigar sexualmente a dos tenientes del Ejército. De acuerdo con una de las denuncias una de las víctimas indicó que Rojas presuntamente intentó sobrepasarse con ella. La situación se habría presentado durante una reunión donde el acusado la tomó por sorpresa, la agarró del cuello e intentó besarla cuando ella intentaba salir de la oficina.
La defensa de la teniente explicó que la oficial sufrió una crisis nerviosa después del incidente y no se lo contó a nadie debido a la posición de alto rango del entonces comandante. Además, la defensa de la víctima indicó que, tras haberse presentado la situación, Rojas cambió su comportamiento con ella tornándose hostil y humillante.
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